Kemin Satama on perustettu samanaikaisesti, kun Kemin kaupungin syntysanat on lausuttu vuonna 1869. Aluksi Kemin Satama perustettiin nykyisen sisäsataman paikalle. Samalla Kemi sai tapulikaupunkioikeudet, mikä tarkoittaa sitä, että kaupunki saattoi käydä ulkomaankauppaa.
Tämä Keisarillisen Majesteetin armollinen asetus antoi kaupungille oikeuden periä puun- eli porvarirahoja, tonttiveroa, hamina-, silta- ja lastirahaa sekä satama- ja vaakahuoneveroa. Näihin maksuihin perustuvat nykyiset julkisoikeudelliset maksut.
Tapulikaupunkioikeuksien vuoksi kaupunkiin tuli perustaa "tullikamari siihen kuuluvain pakkahuoneen, vaakahuoneen, kiinnipano- ja varastomakasiinien kanssa." Kaupunki siis velvoitettiin jo tuolloin rakentamaan sitä infrastruktuuria, jossa satamien nykyisen kaltainen toimintaympäristö kehittyi.
Privilegio-oikeus kumottiin vasta 1.1.1995, jonka jälkeen vain valtioneuvosto voi antaa uuden sataman perustamisoikeuden Suomessa.
Ajokseen syväsatamaa alettiin rakentaa vuonna 1939.
Talvimerenkulku vaatii sekä satamalta että aluksilta paljon. Suomen olosuhteissa merisatamien perustaminen on aina vaatinut suuria kustannuksia ja ponnistuksia. Jääolosuhteet ovat pitkään rajoittaneet ympärivuotista sataman käyttöä. Kemin satamat ovat olleet ympäri vuoden liikennöitävissä vuodesta 1971 lähtien.
Kemin Satama jatkaa satamaliiketoimintaansa vuoden 2012 alusta osakeyhtiönä. Kemin Satama Oy:n Y-tunnus on 2446426-4.